L'action se déroule plusieurs années après la précédente série Yu-Gi-Oh! , GX nous montre une nouvelle génération de duellistes à la prestigieuse Duel Academy - une université très sélective où les crayons et les livres ont été remplacés par des Duel Disks et des cartes monstres! Pourtant, il ne s'agit pas seulement de réussir ses examens pour ces étudiants prometteurs - il s'agit de devenir le prochain roi des jeux!